A história da Segurança Pública em Santa Catarina começou desde os tempos do Império, exatamente no dia 10 de maio de 1808. Foi neste dia que D. João VI criou a Intendência-Geral de Polícia de Santa Catarina, que podemos chamar de primeira Secretaria de Estado da Segurança Pública. A criação ocorreu durante o mandato do então governador do Estado D. Luiz Maurício da Silveira, que também foi nomeado o 1º Juiz de Fora da Capitania de Santa Catarina.
Depois disso, o órgão da Segurança Pública sofreu várias mudanças e trocas de nome. Até que em 1935, o interventor federal Nereu Ramos criou a Secretaria de Negócios da Segurança Pública, dando início ao modelo de gestão utilizado até os dias de hoje, com secretários no comando da pasta.
Mesmo assim, as mudanças de nome continuaram. Em 1970, o ex-governador Ivo Silveira alterou a nomenclatura do órgão para Secretaria de Segurança e Informações. Já em 1983, por meio do Decreto n. 19.378, o ex-governador Esperidião Amim promoveu nova alteração, batizando a pasta com o nome de Secretaria de Segurança Pública, o qual permaneceu por 20 anos.
Em 2003, nova mudança. O então governador Luiz Henrique da Silveira, por meio de Lei Complementar n. 243, alterou o nome para Secretaria de Estado de Defesa do Cidadão.
A partir de 2012, durante o governo de Raimundo Colombo, a secretaria voltou a se chamar Secretaria de Estado da Segurança Pública, ano em que teve início as obras do atual complexo que abriga a Secretaria e setores administrativos das forças de segurança, inaugurado em 2017.
Em 2019, durante o governo Carlos Moisés, além da mudança de nome, surgiu a proposta de um novo formato de gestão. Foi criado um Colegiado de Segurança Pública, que consistia na alternância do comando da pasta entre os chefes das Polícias Militar, Civil e Científica, além do Corpo de Bombeiros Militar.
Em 2023, durante a reforma administrativa, o governador Jorginho Mello determinou a recriação da pasta da Secretaria de Estado da Segurança Pública, com foco, entre outras missões, de coordenar e consolidar o diálogo entre as forças de segurança do Estado.
Desde então, a Secretaria de Estado da Segurança Pública foi gerida pelo procurador de Justiça Paulo Cezar Ramos de Oliveira e pelo deputado estadual Carlos Henrique de Lima, o Sargento Lima. Atualmente a pasta é comandada pelo secretário de Estado da Segurança Pública, coronel BM Flávio Rogério Pereira Graff.